Ну да, пользователи виндовс обычно не любят их прилагать.
И если акробат-ридер ещё ставят с горем пополам (он обычно на каждом диске с драйверами есть), то даже DJVU-просмотрщик - редкость.
Исходя из всего вышесказаного .chm до сих пор остается самым лучшим вариантом. Минусом является безопасность.
Как известно .chm это обычный набор html страниц и ничего более. Очевидно, даже epub это контейнер с html и прочими xml. Отсюда можно сделать вывод, что html самый удобный способ формирования текста с навигацией.
А самый безопасный способ - это открывать html через браузер, который есть у каждого.
И тут, единственный вариант как по мне, это .mht, который открывается IE и Chrome. Тут затык возникает только у линуксоидов, у которых ФФ не жрет этот формат. У них тоже два выхода: установить расширение на ФФ или установить Хром (Оперу). Минус в том, что надо это все сверстать.